大客车因公司规定每两小时必须停车休息二十分钟，刚好服务区封闭施工，就停在出口旁，被交警逮到，现在说要扣12分。

肯定不合法 ，根据劳动合同法的规定，占用员工休息时间，而不是工作时间，严格来说肯定算是加班。
有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
没给你加班工资，那以理由扣你钱