我爷爷留了宅基地父亲翻建二层楼房，现拆迁我们户口没在此房，只有二十万赔偿其它什么都没有合理吗？

可以，但是需要申请建设许可并且符合地方建设规划，如果是在规划的不准再翻建的地区，则有可能不批建。
申请利用原有宅基地进行住宅建设的，不需要提交项目批准、核准、备案文件，应当提交使用集体建设用地的证明文件、建设申请、符合村庄规划的拟建方案以及四邻意见等材料（四邻意见不一致的，村民委员会应当组织召开村民会议或村民会议授权的村民代表会议研究形成本村意见），向乡镇人民政府申请乡村建设规划许可证。
农村宅基地房屋建设一般没有限定农村个人住宅的楼高层数，只是要求二层或二层以上的生活居住建筑必须符合地方建设标准的要求，主要是考虑到建设方的资质，已安全为重。具体的建设标准也需要以地方政策为准。