上下班途中发生交通事故由员工自己承担全部责任，公司不负责任这样的协议合法吗？

不合法，协议无效，严重违反工伤保险条例，第十四条　职工有下列情形之一的，应当认定为工伤：　　
（一）在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的；　　
（二）工作时间前后在工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害的；　　
（三）在工作时间和工作场所内，因履行工作职责受到暴力等意外伤害的；　　
（四）患职业病的；　　
（五）因工外出期间，由于工作原因受到伤害或者发生事故下落不明的；　　
（六）在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的；　　
（七）法律、行政法规规定应当认定为工伤的其他情形。