姐姐在一年前的时候自己成立了一个公司，运营了一年的时间，现在公司也已经渐渐走上正轨了，只是要缴纳税务了，就涉及到用本票进行抵扣，对于公司成本票抵个税可以吗？

可以，企业同意员工拿发票来抵个人收入的情况越来越多，原因是可以互惠互利：企业少交企业所得税，个人少交甚至不交个税。
但前提是不能拿太多的餐费、礼品等相关招待费用和福利费用发票来冲。福利费、业务招待费税法是有限制的，企业超过标准，还是要交纳所得税。你拿餐饮发票来抵消，得你们财务同意。飞机票不是公司员工的名字，入账得话，还是属于业务招待费，和餐费类型一样。