集体土地使用权纠纷做出以下对策:一是出台政策,解决历史遗留问题。针对企业改制、农民街建设过程中遗留的土地问题,建议政府组织人员进行专项调研,制定切实可行的政策,通过补交合理的费用、补办土地征用、出让手续,使土地使用合法化、房屋产权合法化,彻底解决该类问题。二是加强监督,规范利用集体土地。加强土地使用过程中的监督检查力度,对不规范用地行为,及时采取有效的制止措施。要纠正先用后征、以租代征等土地使用过程中的不规范行为,切实保护耕地。三是加强协调,妥善处理土地问题。要建立、健全涉集体土地纠纷解决机制,充分利用行政调解、行政裁决、民间调解等纠纷处理机制,妥善处理因使用农村集体土地而产生的纠纷。