高新技术企业汇算清缴是怎么操作的

对于这个问题，解答如下, 误区一：将高新认定研发费用作加计扣除基数
在高新技术企业认定时，企业往往会委托税务师事务所对企业近3个会计年度的研究开发费用(实际年限不足3年的按实际经营年限计算)以及近1个会计年度的高新技术产品(服务)收入出具专项鉴证报告。在年度汇算清缴时，不少企业认为高新认定的研究开发费用是经税务师事务所鉴证认定的，可以直接将鉴定报告中对应年度的研究开发费用作为基数，享受加计扣除的税收优惠。
其实，在企业研究开发费用归集上，高新认定时是依据科技部、财政部、国家税务总局发布的《高新技术企业认定管理工作指引》(国科发火[2008]362号，以下简称《指引》)进行的，而确定企业可以享受加计扣除优惠，依据的是国家税务总局《企业研究开发费用税前扣除管理办法(试行)》(国税发[2008]116号，以下简称《办法》)，两者的适用情况并不一样，不能混为一谈。《办法》规定的可加计扣除的研究开发费用，其口径要小于按照《指引》要求归集的研究开发费用。因此，高新技术企业进行研究开发费用加计扣除必须谨慎，一定要严格按照《办法》的规定进行研究开发费加计扣除，否则会存在较大的税务风险。
误区二：老高新技术企业未重新认证就享受优惠
2008年，仍有不少老高新技术企业未能及时学习有关高新技术企业的最新税收政策规定，在年度汇算清缴时，仍按15%的税率进行了纳税申报。也有不少纳税人认为能够享受过渡期税收优惠。
实际上，按照《国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠有关问题的通知》(国税函[2009]203号)的规定，原依法享受企业所得税定期减免税优惠尚未期满的高新技术企业，按照新标准取得高新技术企业资格证书之后，可以在2008年1月1日后在未到期的时间段内享受过渡期优惠政策。
因此，老高新技术企业要想享受15%的优惠税率，或享受过渡期优惠政策，必须按高新技术企业的心要求进行重新申请认定，并向主管税务机关备案，而不能直接自行享受税收优惠。
误区三：不能叠加享受优惠政策
不少高新技术企业根据《关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》(国发[2007]39号)和《财政部、国家税务总局关于执行企业所得税优惠政策若干问题的通知》(财税[2009]69号)的规定，认为高新技术企业优惠政策不得叠加享受。享受高新技术企业15%的优惠税率后，不管什么情况，都不得享受其他定期减免税和减低税率类的税收优惠。
其实，这是对上述两个文件的误读。两个文件规定企业享受优惠政策时“不得叠加享受，且一经选择，不得改变”的规定，是限于企业所得税过渡优惠政策与《企业所得税法》及其实施条例中规定的定期减免税和减低税率类的税收优惠。而《企业所得税法》及其实施条例中规定的其他各项税收优惠，凡企业符合规定条件的，可以同时享受。
例如，2007年底前设立的软件生产企业和集成电路生产企业，经认定取得高新技术企业资格后，就可以享受高新技术企业的税收优惠。同时按照《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》(财税[2008]1号)的规定，还可以享受企业所得税定期减免税优惠政策。该文件明确，根据新《企业所得税法》的规定，我国境内新办软件生产企业经认定后，自获利年度起，
第一年和
第二年免征企业所得税，
第三年至
第五年减半征收企业所得税。这种情况下，软件生产企业“两免三减半”的优惠也应该是新《企业所得税法》下的优惠。
69号文件第二条第二款规定：“企业所得税法及其实施条例中规定的各项税收优惠，凡企业符合规定条件的，可以同时享受”。也就是说，上述软件生产企业和集成电路生产企业，可以同时享受高新技术企业税收优惠和企业所得税“两免三减半”的优惠。
误区四：各项补贴不区分收入性质
由于高新技术企业受到国家有关部门和各级政府的大力支持，各种名目的补贴往往比较多。例如，各种税收返还、财政奖励、技术创新奖励、专项研发项目补助等。但很多企业汇算清算时往往不区分各项补贴的收入性质，误把应税收入认为是不征税收入或免税收入，把不征税收认为是免税收入。
不征税收入是我国新《企业所得税法》中新创设的一个概念，是指从企业所得税原理上讲应永久不列入征税收入的范畴。根据规定，不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除;用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。
免税收入是一种税式支出，其本身已构成应税收入，但基于税收优惠政策而予以免除。它是国家根据经济政策目标的需要，在一定时间内免予征税，而在一定时期又可能恢复征税的收入，其支出允许税前列支。根据新《企业所得税法》第二十六条规定，免税收入分为以下四类：国债利息收入，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益，符合条件的非营利组织的收入等。
因此，各项补贴收入性质认定是否正确，影响着应税收入、税前扣除项目、应纳税所得等的计算，最终影响应纳税额的正确与否，值得高新技术企业高度关注。此外，与研究开发活动相关的补贴，享受加计扣除时也要剔除，这也值得关注。