免税单位的房产要征收房屋使用税吗

1、拥有房屋所有权的，要交房产税。征收方式有两种，自用的按房屋余值的1.2征收，按年计算、分期缴纳；出租的按租金收入的12征收。
2、拥有土地使用权的，要交城镇土地使用税。土地使用税以纳税人实际占用的土地面积为计税依据，每平方米年税额为0.6-30元（不同地方税额不同），按年计算、分期缴纳。
3、出租房产取得收入的，要交你所说的房屋租赁税（其实是营业税），税率5 。
按照税法的规定，个人所有非营业用的房产是免房产税的，个人所有的居住房屋及院落用地免征城镇土地使用税，但是你父亲的房子现在是经营用并取得出租收入，所以房产税、土地使用税和营业税都要交了。