甲乙两方在工程中可以进行合同的实质性协议吗

【法律依据】
公司招标前应该就有要求，如果符合招标要求后中标尔无法签合同，应该招标方承担一定责任
如果合同条款具体细节在招标文件和投标文件未确定，属于招标过程存在瑕疵，甲乙双方应依据招标文件和投标文件原则进一步商定。
因为中标通知书已发出、双方契约关系确定，如果就合同条款具体细节在招标文件和投标文件未确定，甲乙双方不能达成一致，按合同纠纷处理。如乙方无过错，乙方有权要求索回投标保证金（但须上报招标主管部门备案，一般招标当事人均不愿走到这一步，所以应当有商讨机会）。
相关情况，双方均可上诉主管部门裁决。

【法律依据】
根据《招标投标法》规定：
“第四十六条招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。招标文件要求中标人提交履约保证金的，中标人应当提交。 ”
“第五十九条招标人与中标人不按照招标文件和中标人的投标文件订立合同的，或者招标人、中标人订立背离合同实质性内容的协议的，责令改正；可以处中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款。”
所以招标文件和投标文件应当已经就合同条款具体内容确定。