我为他人担保5万，债务人跑了但超市和食品加工厂还在，马上还款期就要到了，对于债务人的财产题部分怎么办？当时担保合同上注明款项是超市进货用

债务人跑了，担保人应当在担保范围内承担担保责任。
《担保法》第十七条规定，当事人在保证合同中约定，债务人不能履行债务时，由保证人承担保证责任的，为一般保证。一般保证的保证人在主合同纠纷未经审判或者仲裁，并就债务人财产依法强制执行仍不能履行债务前，对债权人可以拒绝承担保证责任。
有下列情形之一的，保证人不得行使前款规定的权利：
（一）债务人住所变更，致使债权人要求其履行债务发生重大困难的；
（二）人民法院受理债务人破产案件，中止执行程序的；
（三）保证人以书面形式放弃前款规定的权利的。

你还款后可以向债务人进行追偿

1、担保人承担什么责任要视担保条款，有连带责任（担保人承担被担保人义务，可将担保人直接起诉）和补充责任（先向被担保人求偿，不足的由担保人补足，必须先起诉被担保人）等。所以单从你的叙述中不能明确担保人的责任，请详细叙述后再进行咨询。
2、债务人跑了担保人不影响起诉，法院可以公告送达诉讼文书，也可以据此申请执行。