扣除全月绩效，是不发放绩效。还是罚款

1.劳动合同中约定的工资，是你的基本工资，实际发放的工资按照公司的管理规定履行。公司不能直接以两次考核不合格为由解除劳动合同，是不合法的。解除劳动合同的理由是法定的，双方不能约定解除条件。如果你对公司做法有异议，可到劳动仲裁申诉，要求给予经济补偿金或者赔偿金。
2.你的工资以合同约定的为准。公司不低于合同约定的工资及法定最低工资给付，就不是公司违法行为。因两次考核不合格如果指的是没有效绩的话，就解除劳动合同，那公司是违法解除劳动合同。你可以要求经济补偿两倍的赔偿。
3.根据你介绍的情况，单位签订的劳动合同约定工资1000元，高于当地政府最低工资标准，这是合法的。关于绩效工资的考核问题，这是单位工资发放的一种方式和制度，只要该制度在主体上、内容上和程序上合法，单位可以以该制度奖罚职工。关于经两次以上考核不合格而解除劳动合同，是否支付经济补偿金问题，要视具体情况定，如果是符合以违纪解除劳动合同，单位不支付经济补迩金。