商业秘密被其他人合法申请了专利，为了利益最大化我们是应该申请专利保护还是从商业秘密进行保护。

商业秘密保护和专利权保护的区别在于保护时间不一样，保护方式不同，而且商业秘密和专利权的财产性质是不一样的，两者产生的方式也不能一概而论，例如保护期限，发明专利的保护期限是20年，但商业秘密只要对公司是秘密就永久受保护。

在专利权被侵权后，专利权人可以采取三种方式保护自己的专利权。协商、谈判；请求专利行政管理部门调解；提起专利侵权诉讼。关于违反劳动合同中的保密事项，给企业造成损失，应承担损害赔偿责任的规定。

商业秘密并不属于专利权，商业秘密一般是在商业活动中所涉及到重要事项，而专利权必须是向专利权部门申请后获得的，如果该商业秘密要拥有专利权，那么也就需要向上述部门申请专利。

申请专利权要按照一定的法定程序，按照我国法律的规定去授予专利权，最后申请专利的技术信息还要向社会公开，并且法定的保护期内对专利权的技术信息独占使用的权利。商业秘密权不需要审批，是技术信息的所有人根据法律规定，会签订保密协议，约定这项技术秘密信息在没有公开前，可以有权利无限期使用。

专利和商业秘密保护期限规定是前者是20年，后者商业秘密是没有期限方面的规定的，一般情况下有企业和劳动者之间自行进行约定，可以约定具体的商业秘密涉及的内容以及相关的期限。