1、计算机软件侵犯著作权的,双方之间可以进行调解,或者在第三人的调解下达成调解协议;其次可以根据当事人达成的书面仲裁协议或者著作权合同中的仲裁条款,向仲裁机构申请仲裁;最后当事人没有签订书面仲裁协议,也没有在著作权合同中订立仲裁条款的,可以直接向人民法院起诉,由人民法院对侵权行为判决。
2、法律依据:《著作权法》
第六十条 著作权纠纷可以调解,也可以根据当事人达成的书面仲裁协议或者著作权合同中的仲裁条款,向仲裁机构申请仲裁。当事人没有书面仲裁协议,也没有在著作权合同中订立仲裁条款的,可以直接向人民法院起诉。