1、性质不同。
行政撤职处分是一种行政惩戒措施，属于行政处分的范畴;免职是法定的人事处理种类，不具有惩戒性。
2、条件不同。
(1)对于情节严重给国家和人民利益造成重大损失或严重后果的公务员，可以给予撤职处分。
(2)免职处理分为两种：一种是免去现任职务，另一种是职务自行免去。
(3)免去公务员现任职务的条件有7种：转换职位的;晋升或者降低职务的;离职学习期限超过一年的;因健康原因不能坚持正常工作一年以上的;调出国家的;退休的;因其他原因需要免职的。
(4)职务自行免除的条件有5种：受到刑事处罚或劳动教养的;受到行政撤职或开除处分的;被辞退的;因机构变动失去职位的;死亡的。
3、后果不同。
撤职处分的影响：降低一级以上职务，并按新任职务确定相应的级别和工资档次。
行政撤职处分期满解除后，不视为恢复原职务、原级别，但以后晋升职务、级别和工资档次不再受原行政撤职处分的影响。
免去现任职务，一般不影响级别和工作。职务自行免除，级别和工资肯定要受到影响，有的还会丧失公职、失去工作。
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