信号灯设置不合理闯了红灯也要被处罚吗

1、法院的判决并无不当。一方面，信号灯设置不合理，并不能改变你已闯红灯的事实。
2、鉴于你确已违章，交警的处罚无论从程序还是实体上都是于法有据，也就意味着法院应当维持交警的处罚决定。至于交通信号灯的设置问题，因为不属于行政诉讼的审理范围，而不属于法院管辖。如果你认为事发地的信号灯设置确实存在不合理之处，也只能通过向有关主管部门提出意见建议等方式表达诉求，而不能以此作为自己违法乃至逃避责任的理由。
3、法律依据
《道路交通安全法》第三十八条
车辆、行人应当按照交通信号通行；遇有交通警察现场指挥时，应当按照交通警察的指挥通行；在没有交通信号的道路上，应当在确保安全、畅通的原则下通行。
《道路交通安全法》第九十条
机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。本法另有规定的，依照规定处罚。