1、工程延期违约金过高的情况下,可以向司法机关起诉来解决,如果超出法律规定的违约金上限,则是不合法的。违约金是适用约定违约金,即当事人约定的违约数额赔偿,但是约定金额大于实际损失金额的30%的可以请求法院增加或者减少。一般来说合同违约金上限是不超过实际损失的30%。但是如果过高或者过低是可以请求法院给予减少或者增加的。
2、法律依据:《民法典》第585条第1款规定:当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金,也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。所以,违约金具有惩罚性的特征,它不以非违约方遭受损失为前提。