1、申请国家赔偿的确认违法案件由赔偿义务人的同级别人民法院进行管辖。
2、法律依据
《国家赔偿法》第二十条 下列赔偿申请,由人民法院赔偿委员会按下列规定受理:
(1)赔偿义务机关为行使侦查、检察、监狱管理权的机关,赔偿申请人经依法申请赔偿并申请了复议,因对复议决定不服或者复议机关逾期不作决定的,由复议机关所在地的同级人民法院赔偿委员会受理;
(2)赔偿义务机关是区、县(市)人民法院,赔偿申请人对其不予赔偿的决定或赔偿数额有异议而提出申诉的,由其上一级人民法院赔偿委员会受理;
(3)赔偿义务机关为本市各中级人民法院或市高级人民法院的,由本市各中级或高级人民法院赔偿委员会受理。赔偿申请人对不予赔偿的决定或赔偿数额有异议而提出申诉的,由其上一级人民法院赔偿委员会受理;
(4)人民法院为共同赔偿义务机关之一,且共同赔偿义务机关逾期不予赔偿或赔偿申请人对赔偿决定有异议的,由共同赔偿义务机关中的人民法院的上一级人民法院赔偿委员会受理。