检察院负责人贪污案，发现侦查部门办案时间超期了，怎么办

1、办理超过期限，当事人可向其上级机关投诉，由上级机关给予相应行政处分。　　
2、法律依据：
《公安机关执行〈中华人民共和国治安管理处罚法〉有关问题的解释》的通知 文件公通字〔2006〕12号规定：　　
对因违反治安管理行为人逃跑等客观原因造成案件不能在法定期限内办结的，公安机关应当继续进行调查取证，及时依法作出处理决定，不能因已超过法定办案期限就不再调查取证。因违反治安管理行为人在逃，导致无法查清案件事实，无法收集足够证据而结不了案的，公安机关应当向被侵害人说明原因。　　
对调解未达成协议或者达成协议后不履行的治安案件的办案期限，应当从调解未达成协议或者达成协议后不履行之日起开始计算。　　
公安派出所承办的案情重大、复杂的案件，需要延长办案期限的，应当报所属县级以上公安机关负责人批准。