合同补充协议的效力优先于主合同的效力,因为补充协议在主合同之后成立,如果与主合同内容发生冲突,应当以在后约定的条款为准,但是当事人另有约定的,从其约定。根据《民法典》第五百一十条规定,合同生效后,当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的,可以协议补充;不能达成补充协议的,按照合同相关条款或者交易习惯确定。
法律依据
《民法典》第五百一十条合同生效后,当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的,可以协议补充;不能达成补充协议的,按照合同相关条款或者交易习惯确定。