商业秘密由谁认定

依据我国反不正当竞争法的规定，对商业秘密进行认定的部门是监督检察部门，如工商管理部门等。
法律依据：
《中华人民共和国反不正当竞争法》
第十三条　监督检查部门调查涉嫌不正当竞争行为，可以采取下列措施：
(一)进入涉嫌不正当竞争行为的经营场所进行检查;
(二)询问被调查的经营者、利害关系人及其他有关单位、个人，要求其说明有关情况或者提供与被调查行为有关的其他资料;
(三)查询、复制与涉嫌不正当竞争行为有关的协议、账簿、单据、文件、记录、业务函电和其他资料;
(四)查封、扣押与涉嫌不正当竞争行为有关的财物;
(五)查询涉嫌不正当竞争行为的经营者的银行账户。
采取前款规定的措施，应当向监督检查部门主要负责人书面报告，并经批准。采取前款第四项、第五项规定的措施，应当向设区的市级以上人民政府监督检查部门主要负责人书面报告，并经批准。
监督检查部门调查涉嫌不正当竞争行为，应当遵守《中华人民共和国行政强制法》和其他有关法律、行政法规的规定，并应当将查处结果及时向社会公开。