1,合作协议复印件跟合同协议是否有效是两个问题。
合同是否有效,看的是合同主体是否合格,内容是否违法。依据合同法原理,一经签订的合同原则上成立并生效。除非有约定。如果约定采用书面形式但没有书面合同,一方履行了主要义务。认定合同成立。
2,复印件的问题。只是证据效力问题。原则上在证明事物时应当出具原件。依据证据规定,第六十九条下列证据不能单独作为认定案件事实的依据 (四)无法与原件、原物核对的复印件、复制品; 法律的意思是无法与原件核对的复印件不能单独作为证据。但是如果能有其他证据结合一起,依然具有证明效力。就该案而言,应当结合合同的实际履行情况,相关知情人的证言等。