从楼主表述的情况看,经济补偿(2个月工资)不上税,代通知金(1个月工资)上税。并且公司还额外支付一笔经济补助,估计金额不小,要上税。
建议楼主这么做,将看病支出的住院费、治疗费、药费,已经支付完毕的,社险没有给予报销的这部分,拿到单位,如果票据都在一起,报了社险了,就复印单据,请单位依据这些没有报销的医疗费支付经济补助,估计会和应该给你的经济补助差相比不多,这些实实在在已经支付的医疗费,等同于支付给离职职工的困难补助,或者请单位将所谓的经济补助这个称谓,直接改为困难补助。
税务局一般对于个人得到已经支付医疗费的报销款,一般是不会认定为额外个人所得的,起码的人性还是有的。如果这个给楼主的补助,有药费单据证明确实已花,并且就叫“困难补助”,应该是不会引的税务罚企业没有对这笔补助代扣代缴个人所得税的。
请楼主和单位协商,试一试,单位实在不同意,也没有办法。其实从税务的角度,的确不会怎么样的。