我们家有一个亲戚在公司加班的时候，公司给扣了一部分加班的钱，说是拿去纳税了，对于员工加班个税怎么计算的呢？

加班费应并入工薪收入依法征税。[2]在一个纳税年度内，对每一个纳税人，一次一次性奖金的优惠算法只允许采用一次。
个人所得税单位在外地设立办事处，并从当地招人。这部分工作人员居住在当地，其住房情况以及保险水平应遵从当地标准，社平工资按照办事处所在地标准计算。对劳动者获得的补偿金，比照《关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》(财税[2001]157号)执行。在发放年终一次性奖金的当月，雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额，应将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，按规定办法确定全年一次性奖金的适用税率和速算扣除数。