1、如果债权人和破产债务人对债权债务纠纷约定了仲裁,那么当管理人对该债权不予确认登记时,债权人就应当向仲裁委提出债权确认申请,受理破产的法院没有管辖权。
2、实践中,破产案件一般由中级人民法院受理。如果破产债权确认之诉数量庞大,标的较小,争议简单的话,全部由中级法院审理,二审均由高级法院受理,不利于司法资源的有效配置。此时,受理破产申请的中级法院,可以利用《民事诉讼法》第38条规定的管辖权转移制度,将本应由自己审理的案件,报请高级人民法院批准,交由基层人民法院审理。《破产法解释二》第四十七条第二款也给予了肯定。具体操作时,职工破产债权确认纠纷可以全部交由基层人民法院审理,普通破产债权确认纠纷可以根据标的额,按级别管辖的规定本应由基层人民法院审理的案件,交基层人民法院审理。破产案件由受理破产申请的法院专属管辖,是为了实现集中审理,因此,在将案件指定基层人民法院审理时,应当指定唯一的基层人民法院,例如可以是破产债务人住所地的基层法院。报请高级人民法院批准,也无需一案一报,可以在受理破产申请时,提出方案,报请高院统一批准。以后出现破产债权确认纠纷时,按方案确定审理法院。但是立案还是应当由受理破产申请的中级法院统一立案,便于统计管理。
3、破产债权确认纠纷拟确认的债权,如果属于海事纠纷、专利纠纷、证券市场因虚假陈述引发的民事赔偿纠纷等须专门管辖的案件,则此类案件由受理破产的法院集中审理,就未必有利。此时较好的做法是由上级人民法院指定一家有权管辖此种专业案件的法院,集中审理类似案件。对此,《破产法解释二》第四十七条第三款给予了肯定。