舅舅是一个软件工程师，前不久他刚开发出了属于自己的一项计算机软件，他觉得很有发展前途，于是就想找一家公司来合作开发，但是他又怕被人抄袭，所以他就想知道软件著作权是专利许可吗，它们有什么区别吗？

理论是是属于的，但最好去申请专利。
1、 软件著作权是在软件创作完成后产生的，也可以进行软件著作权登记，以起到类似公证的效力。就是说，不登记理论上你也拥有该软件的著作权。
2、著作权可以使你在别人对你的软件盗版时，采取保护措施，制止别人的盗版。但是，你的竞争对手往往并不是卖盗版的小商小贩，他们可能也是软件开发人员，如果他们研究了你的软件，理解了你的思路，按照你的思路重新编写软件，就完全可以不侵犯你的著作权。
3、例如，采用不同的编程语言编写，就完全可以回避你的著作权。但是，无疑，他们偷窃了软件中最宝贵的东西，就是软件的构思。总之，软件著作权无力保护软件中最核心的东西。
4、申请软件专利本身并不复杂，找一家专利代理公司申请即可，目前大多数代理所都有申请经验。当然，要形成一个完美的专利申请文件，对软件的构思做出恰如其份的表述，获得适当的保护范围（要求保护范围太大也不行，因为这样很可能没有新颖性和创造性），这些都是技术活。目前，能够很好的完成这一使命的优秀专利代理人并不多。
5、另外，申请软件专利还要注意，申请专利的软件构思不能是“智力活动的规则和方法”。当然，目前对于这方面的问题，在许多情况下，也存在一些申请技巧进行回避的。