劳动者上班了但是没打卡,公司要扣劳动者的工资是不合理的,用人单位可以根据考勤制度和绩效考核制度扣取部分绩效工资。劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的,当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的,可以向人民法院提起诉讼。 《工资支付暂行条例》 第十五条用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的,用人单位可以代扣劳动者工资:
(一)用人单位代扣代缴的个人所得税;
(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;
(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;
(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。