你好，请问薪资3500-5000元（未含补贴和五险一金，社保缴纳基数按照工资水平）这个意思是实际拿到工资是有3500吗？还是？

不合理，国家规定的个税起征点是月工资3500元，你一个月根本不到3500，不用缴个税。你们人事部所说的劳务报酬是指个人独立从事各种技艺、提供各项劳务取得的报酬。工资和劳务报酬的主要区别在于，前者存在雇佣与被雇佣关系，后者则不存在这种关系。
所以具体还要看你和你们公司签订的协议和你所从事的事业性质，实习合同并不属于劳动合同。