施工合同的补充协议还需要备案,施工合同要求备案是建设部做出的规定,补充协议作为合同的组成部分,也应按照建设部的要求到主管部门备案。由于建设部所做规定不属于法律、行政法规,因此,施工合同未备案并不必然导致合同无效。
【法律依据】
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》第二条,招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容,与中标合同不一致,一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的,人民法院应予支持。
招标人和中标人在中标合同之外就明显高于市场价格购买承建房产、无偿建设住房配套设施、让利、向建设单位捐赠财物等另行签订合同,变相降低工程价款,一方当事人以该合同背离中标合同实质性内容为由请求确认无效的,人民法院应予支持。