遇到商家退款扣违约金合法吗

解析：
在借款协议中，债权人有权设定被告逾期归还本金所应支付的违约赔偿金。
然而，该项条款必须符合法律法规的相关规定，不可违反公序良俗。尤其值得注意的是，对于违约金的金额不得出现过高或过低的情况。倘若双方在签订合同时约定的违约金金额与实际可能产生的损失相比较而言，过高或者过低，那么另一方当事人便有权利依据有关法规向仲裁机构或法院提出适当的调整申请以降低偏高值或提高偏低值。
法律依据：
《民法典》第五百八十五条
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。