公司注销,留抵的进项税额怎么办

解析：
当公司完成清算程序进行注销之时，所有的增值税进项税额将不再获得返还批准；
相比之下，一般的大宗贸易企业或者是在辅导期间的一般纳税人，若其资质因各种原因被撤销，他们将会面临从一般纳税人转变为小规模纳税人的状况，在此种情况下，并不需要对其库存商品所包含的进项税额进行转出处理，同时，其留存在账户中的进项税额也不会被许可退还。
法律依据：
《财政部国家税务总局关于增值税若干政策的通知》第六条，一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。