我朋友小李，他的老家在农村地区，他在那里有一个土地，后来承包出去了，农村地区的房屋地基下截民事纠纷该如何处理？

农村地区的房屋地基下截民事纠纷是无论是谁都没有地基的所有权。该地基的使用权是地基上附着物（房产）的所有权人，若要推倒房屋重建，原房主得重新申请土地使用权，若原房主和土地使用权人转让了权利，重新申请后土地使用权登记人和房产所有权人登记可能转变。
本案中，若父母还健在，则父母是房屋所有权人和土地使用权人，他人无权擅自决定房屋和土地的变更；若父母有亡故的，则按照继承法先处理房产和土地使用权后方可行下一步的改造。
从叙述来看，本案中父母还健在（需小房子居住），则哥哥的行为若为父母真实意思的体现，则合法合理；否则不合法不合理，但弟弟应请父母和协助父母依法维权，制止哥哥毁坏房屋和侵占土地使用权的行为。

处理民事纠纷的方式有下列四种：
(一)和解。即当事人自行协商解决。当事人是民事纠纷的主体，他们对争议的事项享有充分的处分权能。是否行使处分权能、何时行使处分权能以及以何种方式行使处分权能概由当事人自行决定。
(二)调解。纠纷当事人之外的第三者依据一定的社会规范（习惯、道德、法律等规范），在纠纷主体之间沟通信息，摆事实明道理，促成纠纷主体相互谅解、妥协，从而达成最终解决纠纷的合意。在我国现阶段的调解制度，主要是指人民调解委员会调解民事主体之间的纠纷，这被西方人士成为“东方经验”，除此之外，还有机关、企业事业单位、公民之间的调解等。
(三)仲裁。所谓仲裁是指在仲裁庭的主持下，在民事纠纷双方当事人的参与下，依法对民事纠纷居中审理并制作一定法律文书平息冲突的方法。仲裁属民间性质。仲裁的基础是当事人的合意。也就是说，提交仲裁必须以双方当事人同意为前提，否则，仲裁程序不能启动。在通常情形下，仲裁庭成员也由当事人选任。仲裁的最大特点是快速、简便。随着国家法制的日益健全，仲裁正越来越受到人们的青睐。
(四)诉讼。民事诉讼即老百姓所讲的“打民事官司”。相对于人民调解、当事人自我平息、单位（或部门、社区）处理和仲裁机制而言，民事诉讼是典型的公力救济形式。这种公力救济的最大特点是具有特殊的法律强制性。民事诉讼还是国家处理民事纠纷的最有效也是最后的手段。因此，国家往往要对诉讼的主体、程序、制度等做出严格的规定。《民事诉讼法》第一百二十条 起诉形式起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。 书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。