就是我们公司现在已经注册了商标的了，然后对方的著作权和我们也有冲突的，想知道商标权与在先著作权的权利冲突怎么办？

相对于商标权，著作权具有在先性。如果著作权人认为商标权人的注册商标是从其作品直接或间接而来，并未经其许可，著作权人就可以要求商标权人停止使用该商标；同时，如果商标权人的注册合法，商标权人就可以在商标主管机关未撤销其注册商标之前继续使用该商标。这样，著作权与商标权的冲突就不可避免。
《商标法》和《商标法实施细则》明文规定保护合法的在先权利，如果通过侵犯他人合法的在先权利包括著作权取得商标注册，商标主管机关应撤销该注册商标，但《著作权法》却没有相应的规定。从立法上和实践中妥善解决两者之间的冲突，是非常必要的。目前，也不乏著作权和商标权冲突的事例。一般来说，在保护在先著作权的同时，应当注意保护商标注册人的合法权利，具体处理方式，可以在实践中逐步探索，并上升到立法予以规范。
相关法规依据《商标法》：
第三十一条　申请商标注册不得损害他人现有的在先权利，也不得以不正当手段抢先注册他人已经使用并有一定影响的商标。
第四十一条　已经注册的商标，违反本法第十条、第十一条、第十二条规定的，或者是以欺骗手段或者其他不正当手段取得注册的，由商标局撤销该注册商标；其他单位或者个人可以请求商标评审委员会裁定撤销该注册商标。
已经注册的商标，违反本法第十三条、第十五条、第十六条、第三十一条规定的，自商标注册之日起五年内，商标所有人或者利害关系人可以请求商标评审委员会裁定撤销该注册商标。对恶意注册的，驰名商标所有人不受五年的时间限制。
除前两款规定的情形外，对已经注册的商标有争议的，可以自该商标经核准注册之日起五年内，向商标评审委员会申请裁定。
商标评审委员会收到裁定申请后，应当通知有关当事人，并限期提出答辩。
《著作权法》：
第二十一条：公民的作品，其发表权、本法第十条第一款第（五）项至第（十七）项规定的权利的保护期为作者终生及其死亡后五十年，截止于作者死亡后第五十年的12月31日；如果是合作作品，截止于最后死亡的作者死亡后第五十年的12月31日。
法人或者其他组织的作品、著作权（署名权除外）由法人或者其他组织享有的职务作品，其发表权、本法第十条第一款第（五）项至第（十七）项规定的权利的保护期为五十年，截止于作品首次发表后第五十年的12月31日，但作品自创作完成后五十年内未发表的，本法不再保护。
电影作品和以类似摄制电影的方法创作的作品、摄影作品，其发表权、本法第十条第一款第（五）项至第（十七）项规定的权利的保护期为五十年，截止于作品首次发表后第五十年的12月31日，但作品自创作完成后五十年内未发表的，本法不再保护。
根据尼日尔公约还将在全球178个国家受到保护。
登记版权的好处：
版权登记费用低，保护期限长，个人版权登记保护期限在死亡后50年，企业版权登记保护期限在发表之后五十年内。
商标毕竟有使用商品范围的限制，别人在不同的商品上用你的图形，不构成侵犯你的商标权，如果图形有著作权，即使在不同的商品上，也能受到保护。版权登记相当于商标小全类，限制别人用此图案注册商标，为日后企业壮大，品牌建设做准备。
版权登记保护范围也极广，根据尼日尔公约将在全球178个国家受到保护。
案例：著名漫画家张乐平先生在长期的创作生涯中创造了一个大脑袋、圆鼻子、头上仅有三根头发的“三毛”形象，对此张乐平享有版权。被告江苏三毛集团公司未经许可在其产品、广告、企业标记上广泛使用“三毛”形象。此外，被告还在1995年11月至1996年2月间，就34类商品向国家商标局提出了含有“三毛”漫画形象的商标申请。至案发时，已被核准31类。法院经过审理认定，被告未经许可在商业标记中使用“三毛”漫画形象，侵犯了他人的在先权利——版权。随后国家商标局以“注册不当”撤销了被告在31类商品上注册的“三毛”商标。