最近我们公司有一个很严重后果的问题出现了，就是我们发现有限责任公司章程、股东名册和工商登记显示的股东为A，但此人并未出资，实际上是诸多自然人股东的代表而已，可没有委托协议之类的。那么请问公司章程、工商登记记载的股东与股权证持有人不一致，股东身份以登记为准吗？

首先，您的问题属于股东身份确认范畴，理论上以是否实际出资为标准分为实质说与形式说两种观点；实务中也存在股东协议、公司章程、出资证明书、股东名册、工商登记、股权转让合同等不同证据的冲突。
其次，随着司法实务的发展，近年来对于股东身份确认的司法审判多以形式说为准，因为股东既然是一种身份、公司既然是一个组织且具有法律人格，那么股东成为公司的成员必须得到公司的认可，否则其仅为持股人、享有证券持有人的权利。
最后，鉴于司法审判实践的经验，以及上述对于身份的要求，理应以公司章程、股东名册、工商登记等“外观主义法理”之原则加以确认。