正确处理商品房预售合同纠纷，必须针对不同性质的纠纷采取不同的原则：
(一)标的权利瑕疵纠纷及其处理。
标的瑕疵在商品房预售纠纷中占有相当比例，常见的标的权利瑕疵问题和质量瑕疵问题。标的权利瑕疵主要是抵押问题和权利证书，有如下三种处理方式：
1、已经交付并办理产权登记的房屋如果仍存在抵押，购房者可以要求开发商提供担保或要求退房;
2、已付清房款但没有交付的，购买者可以要求开发商提供担保;
3、既未付清房款也未交付的，购买方在享有知情权的基础上，与开发商协商解决。
(二)标的质量瑕疵纠纷及其处理。
质量瑕疵主要是指面积缩水、质量标准与宣传不一致甚至不符合正常使用或个别地方影响正常使用等。对于存在质量瑕疵的预售房屋，司法解释也作出了具体规定。如质量严重影响正常居住使用，买受人请求解除合同和赔偿损失的，应予支持。但该规定，过于规范，不利于操作，仍须进一步明确严重影响正常居住使用的范围。
法律依据：《房屋买卖合同司法解释全文》 第二十五条
以担保贷款为付款方式的商品房买卖合同的当事人一方请求确认商品房买卖合同无效或者撤销、解除合同的，如果担保权人作为有独立请求权第三人提出诉讼请求，应当与商品房担保贷款合同纠纷合并审理;未提出诉讼请求的，仅处理商品房买卖合同纠纷。担保权人就商品房担保贷款合同纠纷另行起诉的，可以与商品房买卖合同纠纷合并审理。
商品房买卖合同被确认无效或者被撤销、解除后，商品房担保贷款合同也被解除的，出卖人应当将收受的购房贷款和购房款的本金及利息分别返还担保权人和买受人。
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