您好，我叔叔当年去申请了一个药品的专利，专利使用不到三年就被侵权了，专利权侵权纠纷起诉到法院，专利权侵权纠纷原告举证之后，专利权的保护期限是多长时间

二十年。
根据《专利法》第四十二条发明专利权的期限为二十年，实用新型专利权和外观设计专利权的期限为十年，均自申请日起计算。
第四十三条专利权人应当自被授予专利权的当年开始缴纳年费。　
第四十四条有下列情形之一的，专利权在期限届满前终止：　
（一）没有按照规定缴纳年费的；
（二）专利权人以书面声明放弃其专利权的。　
专利权在期限届满前终止的，由国务院专利行政部门登记和公告。　
申请专利的具体流程：
专利申请文件的填写和撰写。专利申请文件的填写和撰写有特定的要求，申请人可以自行填写或撰写，也可以委托专利代理机构代为办理。尽管委托专利代理是非强制性的，但是考虑到精心撰写专利申请文件的重要性，以及审批程序的法律严谨性，对经验不多的申请人来说，委托专利代理是值得提倡的。
专利申请的受理。专利局受理处或各专利局代办处收到专利申请后，对符合受理条件的申请，将确定申请日，给予申请号，发出受理通知书。
申请费的缴纳方式。申请费以及其他费用都可以直接向专利局收费处或专利局代办处面交，或通过银行或邮局汇付，或者电子申请注册用户可以通过登录中国专利电子申请网使用网上缴费系统缴纳专利费用。目前，银行采用电子划拨，邮局采用电子汇兑方式。缴费人通过邮局或银行缴付专利费用时，应当在汇单上写明正确的申请号或者专利号，缴纳费用的名称使用简称。汇款人应当要求银行或邮局工作人员在汇款附言栏中录入上述缴费信息，通过邮局汇款的，还应当要求邮局工作人员录入完整通讯地址，包括邮政编码，这些信息在以后的程序中是有重要作用的。费用不得寄到专利局受理处或者专利局其他部门或者审查员个人。
申请费缴纳的时间：面交专利申请文件的，可以在取得受理通知书及缴纳申请费通知书以后缴纳申请费。通过邮寄方式提交申请的，应当在收到受理通知书及缴纳申请费通知书以后再缴纳申请费，因为缴纳申请费需要写明相应的申请号，但是缴纳申请费的日期最迟不得超过自申请日起两个月。
专利审批程序：依据专利法，发明专利申请的审批程序包括受理、初审、公布、实审以及授权五个阶段。实用新型或者外观设计专利申请在审批中不进行公布和实质审查，只有受理、初审和授权三个阶段。
对专利申请文件的主动修改和补正：对专利申请文件的主动修改和补正也是申请人可以视需要选择的一项手续。实用新型和外观设计专利申请，只允许在申请日起两个月内提出主动修改；发明专利申请只允许在提出实审请求时和收到专利局发出的发明专利申请进入实质审查阶段通知书之日起三个月内对专利申请文件进行主动修改。
答复专利局的各种通知书：
（1）遵守答复期限，逾期答复和不答复后果是一样的。 针对审查意见通知书指出的问题，分类逐条答复。答复可以针对审查意见办理补正或者对申请进行修改；不同意审查员意见的，应陈述意见及理由。
（2）属于形式或者手续方面的缺陷，一般可以通过补正消除缺陷；明显实质性缺陷一般难以通过补正或者修改消除，多数情况下只能就是否存在或属于明显实质性缺陷进行申辩和陈述意见。
（3）对发明或者实用新型专利申请的补正或者修改均不得超出原说明书和权利要求书记载的范围，对外观设计专利申请的修改不得超出原图片或者照片表示的范围。修改文件应当按照规定格式提交替换页。
（4）答复应当按照规定的格式提交文件。如提交补正书或意见陈述书。一般补正形式问题或手续方面的问题使用补正书，修改申请的实质内容使用意见陈述书，申请人不同意审查员意见，进行申辩时使用意见陈述书。
专利申请被视为撤回及其恢复。逾期未办理规定手续的，申请将被视为撤回，专利局将发出视为撤回通知书。申请人如有正当理由，可以在收到视为撤回通知书之日起两个月内，向专利局请求恢复权利，并说明理由。请求恢复权利的，应当提交“恢复权利请求书”，说明耽误期限的正当理由，缴纳恢复费，同时补办未完成的各种应当办理的手续。补办手续及补缴费用一般应当在上述两个月内完成。
办理专利权登记手续。实用新型和外观设计专利申请经初步审查，发明专利申请经实质审查，未发现驳回理由的，专利局将发出授权通知书和办理登记手续通知书。申请人接到授权通知书和办理登记手续通知书以后，应当按照通知的要求在两个月之内办理登记手续并缴纳规定的费用。在期限内办理了登记手续并缴纳了规定费用的，专利局将授予专利权，颁发专利证书，在专利登记簿上记录，并在专利公报上公告，专利权自公告之日起生效。未在规定的期限内按规定办理登记手续的，视为放弃取得专利权的权利。
办理登记手续应缴纳的费用。办理登记手续时，不必再提交任何文件，申请人只需按规定缴纳专利登记费、公告印刷费、授权当年的年费、印花税。
专利权的维持。专利申请被授予专利权后，专利权人应于每一年度期满前一个月预缴下一年度的年费。期满未缴纳或未缴足，专利局将发出缴费通知书，通知专利权人自应当缴纳年费期满之日起六个月内补缴，同时缴纳滞纳金。滞纳金的金额按照每超过规定的缴费时间一个月，加收当年全额年费的5%计算；期满未缴纳的或者缴纳数额不足的，专利权自应缴纳年费期满之日起终止。
专利权的终止。专利权的终止根据其终止的原因可分为：
（1）期限届满终止：发明专利权自申请日起算维持20年，实用新型或外观设计专利权自申请日起算维持满10年，依法终止；
（2）未缴费终止：专利局发出缴费通知书，通知申请人缴纳年费及滞纳金后，申请人仍未缴纳或缴足年费及滞纳金的，专利权自上一年度期满之日起终止；
（3）因专利权人放弃专利权而终止：授予专利权后，专利权人随时可以通过提交放弃专利权声明来主动要求放弃专利权，审查员针对放弃专利权声明发出的手续合格通知书的发文日为生效日，放弃的专利权自该日起终止。
专利权的无效。专利申请自授权之日起，任何单位或个人认为该专利权的授予不符合专利法有关规定的，可以请求宣告该专利权无效。请求宣告专利权无效或者部分无效的，应当按规定缴纳费用，提交无效宣告请求书，写明请求宣告无效的专利名称、专利号并写明依据的事实和理由，附上必要的证据。对专利的无效请求所作出的决定任何一方如有不服的，可以在收到通知之日起三个月内向人民法院起诉。专利局在决定发生法律效力以后予以登记和公告。宣告无效的专利权视为自始即不存在。