只有符合法定程序，违章搭建仓库强拆是合法的。
《最高人民法院关于办理申请人民法院强制执行国有土地上房屋征收补偿决定案件若干问题的规定》
第一条申请人民法院强制执行征收补偿决定案件，由房屋所在地基层人民法院管辖，高级人民法院可以根据本地实际情况决定管辖法院。
第三条人民法院认为强制执行的申请符合形式要件且材料齐全的，应当在接到申请后五日内立案受理，并通知申请机关;不符合形式要件或者材料不全的应当限期补正，并在最终补正的材料提供后五日内立案受理;不符合形式要件或者逾期无正当理由不补正材料的，裁定不予受理。
第六条征收补偿决定存在下列情形之一的，人民法院应当裁定不准予执行：
(一)明显缺乏事实根据;
(二)明显缺乏法律、法规依据;
(三)明显不符合公平补偿原则，严重损害被执行人合法权益，或者使被执行人基本生活、生产经营条件没有保障;
(四)明显违反行政目的，严重损害公共利益;
(五)严重违反法定程序或者正当程序;
(六)超越职权;
(七)法律、法规、规章等规定的其他不宜强制执行的情形。
人民法院裁定不准予执行的，应当说明理由，并在五日内将裁定送达申请机关。
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