由于原材料质量不合格，导致产成品不合格而报废。与原材料供货商协商后，供货商同意赔偿原材料部分价款购进原材料时的进项税款怎么处理？

结论：如果发现产品质量不符合合同规定，应一面妥为保管，一面向供方提出书面异议。
解析：
需方按以下规定办理书面异议：
1、产品的品种、型号、规格、花色和质量不合规定的，需方应在货到后10天内（另有规定或当事人另行商定期限者除外）提出书面异议；
2、对某些必须安装运转后才能发现内在质量缺陷的产品，一般从运转之日起6个月内提出异议，除主管部门另有规定或当事人另行商定提出异议的期限外；
3、需方未按规定期限提出书面异议的，视为所交产品符合合同规定；
4、如因需方使用、保管、保养不善等造成产品质量下降的，不得提出异议；
5、供方在接到需方书面异议后，应在10天内（另有规定或当事人另行商定期限者除外）负责处理，否则，即视为默认；
6、在书面异议中，对不符合规定的产品提出具体处理意见，以及当事人双方商定的必须说明的事项。如果不能协商解决，则需要尽快起诉。
法律依据：
《民法典》第五百八十四条
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，造成对方损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益;但是，不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。