修订后的《办法》在同级环保部门和上下级环保部门的关系方面,进一步明确了管辖权及其争议处理。修订后的《办法》进一步明确了案件管辖权,如对跨行政区域的污染案件、两个以上环保部门都有管辖权的案件、管辖权有争议的案件,明确了管辖机关;对下级环保部门认为案件重大、疑难或者处罚有困难的,上一级环保部门认为需要的,明确了指定管辖;上级环保部门可以将其管辖的案件交由有管辖权的下级环保部门实施行政处罚;对不属于本机关管辖的案件,要求移送有管辖权的环保部门处理。此外,针对污染物异地违法排放等违法排污形式,规定了环保部门可以委托其他环保部门协助调查取证,受委托的环保部门应当予以协助。