磋商达成生态环境损害赔偿协议要司法确认吗

依据我国相关法律规定，环境保护部门与污染人就生态环境损害赔偿达成协议的，当事人可以向人民申请司法确认，人民受理后要公告协议内容。
《最高人民法院关于审理生态环境损害赔偿案件的若干规定(试行)》
第二十条 经磋商达成生态环境损害赔偿协议的，当事人可以向人民申请司法确认。
人民受理申请后，应当公告协议内容，公告期间不少于三十日。公告期满后，人民经审查认为协议的内容不违反法律法规强制性规定且不损害国家利益、社会公共利益的，裁定确认协议有效。裁定书应当写明案件的基本事实和协议内容，并向社会公开。
第二十一条 一方当事人拒绝履行、未全部履行发生法律效力的生态环境损害赔偿诉讼案件裁判或者经司法确认的生态环境损害赔偿协议的，对方当事人可以向人民申请强制执行。需要修复生态环境的，依法由省级、市地级人民政府及其指定的相关部门、机构组织实施。