法院判分居两年自动离婚的话小孩的归属也会判吗

没有自动离婚一说，到的，如果分居满两年的可以判决离婚。孩子的抚养可参照最高人民法院《关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》
第一条两周岁以下的子女，一般随母方生活。
第二条父母双方协议两周以下子女随父方生活，并对子女健康成长无不利影响的，可予准许。
第三条对两周岁以上未成年的子女，父方和母方均要求随其生活，一方有下列情形之一的，可予优先考虑：　　
（
1）已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的；　　
（
2）子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的；　　
（
3）无其他子女，而另一方有其他子女的；　　
（
4）子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活的。
第五条5、父母双方对十周岁以上的未成年子女随父或随母生活发生争执的，应考虑该子女的意见。总之就是看孩子由谁来抚养更有利于孩子的成长。