1、立案的方式、手续不同。
普通程序的立案方式是群众举报一一部门移送一执法检查一一上级交办四个不同范围受理审查立案，都属有影响和一般普通的案件而简易程序立案是在执法检查中，当场发现违法事实，予以处罚的违法事件。所以，受理方式相对普通程序而言要简便，范围要窄一些。立案手续办理也不一样，普通程序的立案程序，要限期由办案人员根据立案线索提出立案报告或填写立案审批表，报档案负责人审批或集体研究决定，认为后果性质严重，且具有惩戒效应需给予处罚才审批立案而简易处罚程序中没有明确规定审批手续，现场检查中来不及办理立案审批手续。但对罚款应持慎重态度。
2、调查的内容、形式不同。
普通程序调查的内容：一是对案件证据材料需进一步调查取证：二是在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，经负责人批准，可以先行登记保存，并应当在七日内及时作出处理决定。在此期间，当事人及有关人员不得销毁或者轻移证据三是对较大数额罚款等行政处罚决定之前，应当告知当事人有要求举行听证的权利，并有举证的义务。而简易程序调查取证比较简单，只要是违法事实确凿，并有法定处罚依据，就可以依法作出处理。否则，对于事实不够清楚，证据不足的案件只能适用普通程序进行调查取证。调查形式也不同。普通程序调查终结，要形成综合报告，分别作出处理意见，按照案件管理的有关规定作出行政处罚决定和不给予行政处罚，由办案单位负责人签字生效而简易程序不一定要适.用这种复杂的登记式处罚形式，当场发现当场处理。
3、处罚的幅度不同。
普通程序：适应的处罚幅度对法人或其他组织一千元以上，对个人五十元以上的罚款。适用听证程序对单位以五万元以上，个人处以三千元以上罚款决定而简易程序仅适用对个人五十元以下处罚，法人和其他组织一千元以下的处罚或警告。
4、结案的时间不同。
适用简易程序案件结案时间一般是当场处罚，最长时效不超过三个月而普通程序案件的结案时间一般为六个月，重大疑难案件经允许还可延长。
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