比如一些不平等条约或是一些不平等的行政文件保密协议之类的。员工应该怎么保护自己的合法权益不受危害？请各位高手解答一下

合同内容中违法的部分是无效的，即使签订了对职工也没有约束力。《劳动合同法》第二十六条　下列劳动合同无效或者部分无效：
（一）以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的；
（二）用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的；
（三）违反法律、行政法规强制性规定的。对劳动合同的无效或者部分无效有争议的，由劳动争议仲裁机构或者人民确认。第二十七条　劳动合同部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。