1、一般情况的亏损弥补。
首先要明确亏损的内涵。税法上的“亏损”是指按税法规定调整后的金额，是企业所得税年度纳税申报表主表第23行“纳税调整后所得”的数据，不是企业财务报表中所反映的亏损额。
其次亏损的弥补期限是5年。另外，《国家税务总局关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知》(国税函98号)第八条明确，对企业由于技术开发费加计扣除部分已形成企业年度亏损，可以用以后年度所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。
2、应税项目与免税项目之间的亏损弥补。《国家税务总局关于做好度企业所得税汇算清缴工作的通知》(国税函148号)规定，企业取得的免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目，不得弥补当期及以前年度应税项目亏损;当期形成亏损的减征、免征所得额项目，也不得用当期和以后纳税年度应税项目所得抵补。这条规定要求，企业取得的免税项目应该单独核算，应税项目与免税项目不能盈亏相抵。而企业会计利润是综合计算的，没有区分应税项目与免税项目，纳税申报表同样未单独体现应税项目所得与优惠项目所得。因此，计算应税项目的应纳税所得额时，应在会计利润总额的基础上调减免税项目所得，不管免税项目是盈利还是亏损都要作全额调减，计算公式为：应税项目调整后所得利润总额免税项目所得。要注意的是，旧所得税税法对此有不同的处理原则，根据《国家税务总局关于企业的免税所得弥补亏损问题的通知》(国税发34号)的规定，免税项目的所得可以弥补应税项目当年及以前的亏损。
3、筹办期间形成的亏损弥补问题。一是企业筹办期间不计算为亏损年度。《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函79号)规定，企业自开始生产经营的年度，为开始计算企业损益的年度。企业从事生产经营之前进行筹办活动期间发生筹办费用支出，不得计算为当期的亏损，应按照《国家税务总局关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知》(国税函98号)第九条规定执行。由于企业在筹办期没有开始生产经营，无从计算损益，因此筹办期不计算亏损，也无需进行汇算清缴，而筹办费的有效亏损弥补期限也得到了推迟。
4、跨年度调增的应纳税所得额可弥补亏损。对跨年度调增的应纳税所得额可否弥补亏损的问题，新旧税法有不同的处理原则。根据《国家税务总局关于修订企业所得税纳税申报表的通知》(国税发56号)(注：该文已废止)规定，查补的应纳税所得额，应并入所属年度的应纳税所得中，按税法规定计算应补税额，但不得弥补以前年度亏损，不得作为计算公益、救济性捐赠税前扣除的基数。而根据规定，根据《企业所得税法》第五条的规定，税务机关对企业以前年度纳税情况进行检查时调增的应纳税所得额，凡企业以前年度发生亏损、且该亏损属于企业所得税法规定允许弥补的，应允许调增的应纳税所得额弥补该亏损。弥补该亏损后仍有余额的，按照企业所得税法规定计算缴纳企业所得税。对检查调增的应纳税所得额应根据其情节，依照《税收征收管理法》有关规定进行处理或处罚。
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