妻子离家出走两年，有两个小孩，离婚孩子抚养权该由谁来

您选择协议离婚的方式，需要双方对于孩子的抚养权进行协商，如果选择诉讼的方式离婚，那么对于孩子的抚养权如果一方同意两个孩子都归对方抚养时，会尊重双方达成的一致意见。但是，如果双方在抚养权上存在争议时，同时又有两个孩子的话，从缓和家庭矛盾和公平性角度出发，判决一方抚养一个孩子的概率较大。
当然，在抚养权归属的判决上也会遵循未成年子女的最大利益原则。如果一方存在不适合抚养孩子的情况，例如说有吸毒、赌博等恶习；患有久治不愈的艾滋病、梅毒等传染性疾病或其他严重疾病；曾经有过家庭暴力或者虐待家庭成员的行为；长期不履行抚养义务等情形，将两个孩子抚养权都判归一方的可能性也很大。
    您说两个孩子话，可能还涉及到双胞胎的抚养权归属问题。总的来说，部分并没有将双胞胎区别于普通兄弟姐妹关系，依然适用上述裁判经验；实践中也有部分认为双胞胎不同于普通兄弟姐妹关系，共同生活有利于孩子的成长，从而倾向于将双胞胎均判归一方抚养，但是这并不是最大的考量因素。因此，如果双方无法就双胞胎的抚养权归属达成合意，建议从未成年子女利益最大化的原则出发，举证对方存在不利于抚养孩子的情形，同时积极论证双胞胎不同于普通兄弟姐妹关系，分开抚养不利于双方的成长，以争取的支持。
法律依据：
《关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》第一条
1、两周岁以下的子女，一般随母方生活，母方有下列情形之一的，可随父方生活：
（1）患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的；
（2）有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的；
（3）因其他原因，子女确无法随母方生活的。
2、父母双方协议两周岁以下子女随父方生活，并对子女健康成长无不利影响的，可予准许。
3、对两周岁以上未成年的子女，父方和母方均要求随其生活，一方有下列情形之一的，可予优先考虑：
（1）已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的；
（2）子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的；
（3）无其他子女，而另一方有其他子女的；
（4）子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活的。
4、父方与母方抚养子女的条件基本相同，双方均要求子女与其共同生活，但子女单独随祖父母或外祖父母共同生活多年，且祖父母或