侵占罪起诉应该是直接到法院进行起诉，还是都公安系统报案呢，起诉程序是怎么样子的呢？

是这样的，侵占罪起诉可区分是职务侵占还是一般侵占。
如果大股东在该公司任职（比如董事长、总经理、部门经理、财务总监等），在保管该财物期间利用职务之便侵占财产，可以定职务侵占，职务侵占可以报警。警察会处理。
如果大股东不在该公司具体任职，只是一般保管该财物，那么属于一般的侵占。可以直接去法院提起刑事自诉。

您好，侵占罪起诉中《刑法》第二百七十条　【侵占罪】将代为保管的他人财物非法占为己有，数额较大，拒不退还的，处二年以下有期徒刑、拘役或者罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处二年以上五年以下有期徒刑，并处罚金。
将他人的遗忘物或者埋藏物非法占为己有，数额较大，拒不交出的，依照前款的规定处罚。
本条罪，告诉的才处理。
侵占罪不论数额大小，都只能直接向法院刑事自诉，公安部门不会受理。起诉程序就是写好起诉书，准备好证据去法院立案。
但如果是职务侵占罪，则属于公安部门管辖受理案件。
《刑法》第二百七十一条　【职务侵占罪】公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役；数额巨大的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产。