工程款已经超过诉讼时效了，怎么处理？

对于这个问题，解答如下, 各承包商可以采取书面发函(对方一定要签收或采取挂号信等形式证明已送达)、向清欠主管部门及相关部门投诉(一定要有书面记录)、与发包方补充协议或签订还款协议等办法，使诉讼时效中断。
另外，总结下来还有一些恢复时效的办法：
1、录音催讨法：有一个工程尾款几十万元拖欠长达10年未还。施工方利用最高人民法院《关于民事证据若干问题的规定》中允许的方式，采用电话录音、录像，取得了时效中断的视听证据。通话主要内容应包含：一是对方欠款数额;二是施工方自何时以来一直在主张债权;三是何时归还欠款。
2、银行转账法：如某工程业主拖欠几十万元工程款，多年来业主以各种借口推拖不还，也不作对账记录，致使债权超过了诉讼时效期。为了获得证据，施工方可以确立了首先派人去对方单位清欠，对方能给多少就要多少，但是不拿现金，要求从银行走汇票，想方设法恢复诉讼时效。
3、协商对账法：双方重新签订的联系单、对账单是有效清欠证据。
4、故意主张法：若欠款金额为4万，已超过3年时效。施工方以特快专递方式致函业主，故意要求清偿8万元欠款。有时债务方觉得冤枉，回函只承认其中的4万元。这样复函就是施工方胜诉的证据。