第三人在诉讼时效后，债权人可以直接向债权人申请偿还债务

诉讼时效超过了，只能说明请求丧失了胜诉权，并不代表法律关系或者事实关系的终止或者消灭。诉讼时效超过后，债务人自愿履行债务的，法律予以保护。而你所述情况不仅有债务人愿意履行债务，而且重新签订了协议。该协议是对其债权债务的重新确定，可以重新约定偿还债务的方式和期限，达成协议的表示双方就债权债务有了新的开耿场钝渡墁盗惰醛伐互始，协议到期后如果债务人不履行债务，债券人有权向人民。其诉讼时效自协议到期后即债权人权利被侵犯之日起重新计算。