我同事前阵子因为身体不好经常不来上班，想问一下旷离需要交违约金吗？违约金怎么算呢？

首先关于违约金，劳动合同法规定的由员工支付违约金的法定条件之一就是参加了专业技能培训，签订了培训协议，在培训协议中一般约定有服务期及违约金。这个是法律承认的。
如果你要避免支付违约金，就需要证明你没有参加专业培训，或者参加的培训不是专业培训。在实践中，如果用人单位提供了培训协议以及与培训机构签订的合同，通常都会被认可，你不支付违约金就离职的可能性很小，很难得到仲裁机构和法院的支持。
其次要说的是劳动时间。8小时工作制是法定的，加班自愿。12小时加班显然已经超过了劳动法规定的法定最长工作时间。但是你要设法举证证明这一事实，包括只给你算10.5小时的事实。这些都很难举证。我所在的公司也是工作时间很长，作业员也没有权限进入内网，但是可以查到考勤，以此证明工作时间。但是各个公司考勤方式不同，且考勤记录保存在用人单位，你很难取得，只能要求用人单位举证。这里用人单位举证的考勤记录如果上面没有你本人签名你是不需要认可的，也绝对不能认可，不然构成法律上的自认，对你很不利。公司也可以通过证明你某一次或几次在你要求的加班时间内不在加班，就足以推翻你的主张了。
综合上边的分析
违约金肯定要交，也许是相当于未履行服务期比例的培训费，也许是约定的特定违约金，总之一定要支付才能离职。
加班费属于另一个法律关系，可以合并审理，但是不是一个事儿。有操作的空间，但是难度很大。因为我是在公司做法务，所以了解比较多的是怎么推翻你的证据，你最好找个专职律师来给你出些有用的建议。