请问申请分居两年自动离婚是先立案，在等分居年限。还是不需要立案到分居年限在起诉。

婚姻法规定的是因夫妻关系不合分居满二年的，是条件之一;最根本的条件是夫妻关系不合，确实无法共同生活。
关于离婚条件。现行婚姻法规定，人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。鉴于审判实践中需要明确“感情确已破裂”的具体情形，最高人民法院对此作出了司法解释。总结审判实践经验，草案对此补充规定了以下内容：人民法院审理离婚案件，应当进行调解;有下列情形之一，感情确已破裂，调解无效的，应准予离婚：
第三十二条男女一方要求离婚的，可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。
(一)重婚或有配偶者与他人同居的;
(二)实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的;
(三)有赌博、吸毒等恶习屡教不改的;
(四)因感情不和分居满二年的;
(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提出离婚诉讼的，应准予离婚。