国有土地使用权转让合同有纠纷该怎么处理

结论：按照法定程序处理。
解析：
1、已经办理土地使用权变更登记手续的受让方，请求转让方履行交付土地等合同义务的，应予支持。
2、均未办理土地使用权变更登记手续，已先行合法占有投资开发土地的受让方请求转让方履行土地使用权变更登记等合同义务的，应予支持。
3、均未办理土地使用权变更登记手续，又未合法占有投资开发土地，先行支付土地转让款的受让方请求转让方履行交付土地和办理土地使用权变更登记等合同义务的，应予支持。
4、合同均未履行，依法成立在先的合同受让方请求履行合同的，应予支持。
法律依据：
《土地管理法》第十四条
土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。