1、客体不完全相同。虐待被监管人罪侵犯的司法单位的活动具体为监管活动,对象可以是一切被监管单位监管的人,包括已被判刑而正在服刑的已决犯、被司法单位怀疑但未判决有罪而在看守所羁押的犯罪嫌疑人与被告人,以及被行政拘留、刑事拘留、司法拘留的人员;而刑讯逼供罪侵犯的司法单位的正常活动具体为审讯活动及证据收集制度,犯罪对象限于犯罪嫌疑人与被告人(包括被监管的犯罪嫌疑人与被告人)。
2、犯罪主体范围不同。虐待被监管人罪的主体为监狱、拘留所、看守所等监管机构的监管人员,而刑讯逼供罪的主体可以是各种司法工作人员。